Вам надо удалить из папки published/ файлы ненужного приложения (например, PD -Фотоальбом, CM- Контакты), и затем удалить запись о приложении из dblist/*.xml
Посмотреть какая папка отвечает ха какое приложение удобно в инсталлере скрипта, а Настройках - управление файлами (писал по памяти, могу ошибиться).